MÖ 4 binli yıllardan başlayan tarihi geçmişi ile Hatay, birçok dönemin ve medeniyetin kültür ve tarihi vesikalarını bünyesinde toplayan bir şehirdir. Hatay’da kazı çalışmaları 1932 yılında başlamıştır. 1933–1938 yılları arasında Amik Ovası'nda Cüdeyde, Dehep, Çatalhöyük ve Tainat'ta, Chicago Üniversitesi Chicago Oriental Institute tarafından kazı çalışmaları yapılmıştır. 1936 yılında, British Museum adına Sir Leonard Wolley, Samandağı El-Mina Mevkii'nde, 1937'den 1948 senesine kadar da aralıklarla Açana Höyüğü'nde hafriyat ve kazı çalışmaları yürütülmüştür.
Fotoğraf: Gülcan Acar
1932-1939 yıllarında Princeton Üniversitesi’nin yaptığı araştırmalarla müzenin esas zenginliğini oluşturan mozaikler ortaya çıkartılmıştır. Bu zenginlikler, merkezi Antakya’da olmak üzere Harbiye, Narlıca, Güzelburç, Samandağ ve çevresinde yapılan kazılar sonucu çıkartılan ve koleksiyonu tamamlayan mozaiklerdir.
Fotoğraf: Gülcan Acar
Antakya’da yürütülen 1932-1939 yılı kazı çalışmalarında çoğu Roma Dönemi'ne tarihlendirilen mimari ve diğer buluntular kentin zenginliğini ve ihtişamını ortaya sermiştir. The Committee for the Excavationandits Vicinity adlı komitenin yaptığı kazı çalışmaları başta Antakya, Harbiye olmak üzere Samandağ’da Seleuceia Pieria'da sürdürülmüş ve kazılarda ortaya çıkan zengin mozaik eser koleksiyonu bugün dünyanın yaklaşık 20 müzesine ve özel koleksiyonlarına dağılmış durumdadır. Antiokheia kökenli birçok eser bugün Hatay Arkeoloji Müzesi’nin yanı sıra Princeton Universitesi Sanat Müzesi (ABD), Worcester Müzesi (ABD), Louvre (Fransa) gibi müzelerde saklanmakta veya sergilenmektedir.
Fotoğraf: Gülcan Acar
Kazılarda çıkan eserlerin tek yerde toplanması için başlayan çalışmanın ardından 1939 yılında tamamlanan Hatay Arkeoloji Müzesi, 23 Temmuz 1948 yılında Hatay’ın Anavatana katılışının 10’uncu yılında ziyaretçilere açılmıştır. Müzenin sekiz sergi salonundan biri olan Lahit Salonu 2000 yılında tamamlanarak teşhire sunulmuştur. Müzede yer alan sergi salonlarına ek olarak müze bahçesinde de eserler yer almaktadır. Beş deposu bulunan müzenin 1140 metrekarelik bir oturma alanı mevcuttur. Eserler 984 metrekarelik bir alanda sergilenmektedir. 2011 yılı itibarıyla toplam eser sayısı 35 bin 433 olarak kayıt altındadır.
Fotoğraf: Gülcan Acar
1939 yılında açılan ve dönemin koşullarında ve mevcut eserlere göre yapılan müze binasının artık günün koşullarına uymaması, modern müzeciliğin ihtiyaçlarına cevap vermemesi nedeniyle yeni müze yapılması çalışmalarına başlanmıştır. Bakanlığımız Kültür Varlıkları ve Müzeler Genel Müdürlüğü ve Hatay Valiliği koordinesinde yürütülen projede 26 Mayıs 2011 yılında temeli atılan müze binası açılışı 28 Aralık 2014 tarihinde yapılmıştır. Dünyanın ikinci büyük mozaik koleksiyonu olarak değerlendirilen eserler 3 bin metrekare alanda sergilenmektedir.
Yeni Müze binasında Prehistorik, Paleolitik Kültür (Üçağızlı Mağarası Canlandırması), Amuk Kültürü (Amik Ovası Höyük Eserleri), Helenistik Dönem (Antakya'nın Kuruluşu), Roma Dönemi (Mozaikler), Nekropol Kültürü (Lahitler), Bizans Dönemi (Mozaikler), Hatay Orta Çağ Dönemi ve Dinler, Hatay Arkeolojisi tarihi, Güncel kazılar/sergiler olmak üzere dokuz farklı temada 10 bin 700 metrekarelik sergileme alanına sahiptir.