Göreme Açık Hava Müzesi’nin en önemli yapısı sayılan Karanlık Kilise, 11. yüzyıl sonu ile 12. yüzyıl başına tarihlenir. Narteks kısmındaki küçük bir pencereden çok az ışık alması nedeniyle “Karanlık Kilise” olarak adlandırılmıştır.
Karanlık Kilise fresklerinde, Tevrat, İncil ve Hz. İsa kaynaklı sahneler resmedilmiştir. Kilisenin ışık görmemesi nedeniyle, içindeki zengin süslemelerin renkleri zamana direnerek canlı kalmıştır.